درمان عفونت قارچی می تواند دشوار باشد. پزشک و بیمار درمان اختصاصی این عفونت را بر اساس موارد زیر تعیین می کنند:
سن، سلامت عمومی و تاریخچه پزشکی فرد
وسعت بیماری
محل قارچ پوستی
توانایی فرد در تحمل دارو ها، فرایند ها و درمان های خاص
انتظارات فرد از دوره بیماری
نظر و ترجیح بیمار
عفونت قارچی سر (تینئا کپیتیس) یا عفونت ناخن (تینئا اونگویوم) به سختی درمان شده و بیمار باید به مدت چندین هفته دارو های ضد قارچ خوراکی مصرف کند. برخی افراد به درمان طولانی تر نیازمند هستند. درمان عفونت قارچ پوستی سر می تواند شامل استفاده از یک شامپوی خاص جهت کمک به از بین بردن قارچ ها باشد. در صورت ابتلا به کریون، آبسه ثانویه یا عفونت باکتریایی پزشک می تواند دارو های دیگری از جمله استروئیدها را با هدف کاهش تورم برای بیمار تجویز کند. درمان عفونت قارچ پوستی بدن، کشاله ران و پا معمولاً با داروهای ضد قارچ خوراکی و موضعی انجام می شود. طول مدت درمان به محل عفونت بستگی دارد.